O Biobanku
Biobank Łódź® mieści się w odrębnym i nowoczesnym budynku spełniającym wszystkie niezbędne standardy bezpiecznego przechowywania danych i próbek, co umożliwia także prowadzenie badań naukowych na najwyższym poziomie. Poszczególne strefy pomieszczeń z autoryzowanym dostępem pozwalają na odseparowanie poszczególnych etapów przyjęcia, przechowywania i preparatyki materiału biologicznego, z rozdzieleniem etapów pracy laboratoryjnej w warunkach pre-PCR i post-PCR.
Misja
Celem nadrzędnym naszej jednostki naukowej jest szerzenie idei biobankowania w świadomości społeczeństwa. Jako jeden z członków Konsorcjum BBMRI.pl Biobank Łódź ® współtworzy Polską Sieć Biobanków, której celem jest zrzeszenie jednostek zajmujących się gromadzeniem materiału biologicznego i wdrożeniem europejskich i krajowych standardów pracy.
Biobank Łódż ® przyczynia się także do rozwoju wiedzy poprzez prowadzenie działalności naukowej, obejmującej zarówno badania podstawowe jak i stosowane. Ukierunkowani jesteśmy na współpracę z podmiotami naukowymi na arenie krajowej i międzynarodowej. Poprzez realizację wielu projektów naukowo-badawczych, Biobank Łódź ® umożliwia rozwój nauki w zakresie genetyki, biologii molekularnej oraz bioinformatyki.
Zespół Biobank Łódź® dąży do najwyższych standardów jakości badań naukowych i oferowanych usług. Pozyskujemy klientów z sektora prywatnego jak i publicznego stosując niestandardowe i nowoczesne rozwiązania, stając naprzeciw niecodziennym wyzwaniom
LABORATORIA
Laboratoria w Biobank Łódź® wyposażone są w najnowocześniejsze obecnie narzędzia w badaniach genetycznych, posiadając w tym celu kompletną i niezbędną aparaturę. Specjalizujemy się zwłaszcza w biobankowaniu próbek materiału biologicznego, a także wykonywaniu eksperymentów z wykorzystaniem mikromacierzy firmy Illumina do genotypowania i oceny stopnia metylacji oraz przygotowania różnych rodzajów bibliotek do sekwencjonowania następnej generacji (NGS) na platformach Illumina. Aparatura, którą posiadamy, obejmuje:
- Sekwenator NovaSeq 6000 (Illumina)
- Sekwenator NextSeq 500 (Illumina)
- Sekwenator MiSeq (Illumina)
- Skaner mikromacierzy iScan (Illumina)
- Stacja pipetująca Tecan Freedom EVO 150 do automatyzacji procesu przygotowania mikromacierzy Illumina
- Aparat Agilent Bioanalyzer 2100 do elektroforezy kapilarnej
- Aparaty MinION (Oxford Nanopore Techonologies) do sekwencjonowania metodą nanoporów
- Linia robotyczna do przygotowywania rozcieńczeń i oznaczania stężenia kwasów nukleinowych na bazie stacji pipetującej Janus (Perkin Elmer)
- Termocyklery wraz głowicami optycznymi do Real Time PCR (BioRad)
- Aparat do HRM model Light Scanner (IdahoTechnologies)
- Aparaty do pomiaru stężenia kwasów nukleinowych metodą fluorymetryczną Qubit 4 (Life Techonologies)
- Komory laminarne II klasy bezpieczeństwa
- System do obrazowania żeli (Bio-Rad)
- Wytrząsarki
- Piecyki hybrydyzacyjne
- Termobloki
- Mikrowirówki i wirówki laboratoryjne z chłodzeniem
- Termomiksery
- Zestawy do elektroforezy białek/kwasów nukleinowych
- Autoklaw oraz suszarkę/sterylizator
- Drobny sprzęt laboratoryjny (łaźnie wodne, vortexy, pipety, wirówki do mikropłytek, dejonizator wody, mieszadła magnetyczne, wagi analityczną oraz precyzyjną, dygestoria)
INFRASTRUKTURA IT
Infrastruktura Informatyczna Biobanku Łódź, składa się z dwóch klastrów witalizacyjnych, utworzonych z trzech serwerów każdy. Maszyny o jednorodnej konfiguracji tworzą każdy z klastrów
1) 512 RAM, 2 x CPU: Intel(R) Xeon(R) Gold 6238R CPU @ 2.20GHz 28/56 – sumarycznie 112 Logicznych CPU)
2) RAM: 512 GB; CPU: Intel(R) Xeon(R) Gold 6238R CPU @ 2.20GHz 112 logicznych rdzeni.
Na potrzeby analiz dostępna jest również karta graficzna (GPU) wykorzystywana w celach obliczeniowych Tesla T4 oraz Serwer Dragen firmy ILLUMINA wykorzystujący technologię FGPU – znacząco przyśpieszającą obliczenia. W tym roku planowana jest rozbudowa infrastruktury obliczeniowej o klaster kart graficznych nowej generacji NVIDIA P40, składający się z 4 do 6 kart.
Uzupełnieniem infrastruktury jest przestrzeń składowania danych zbudowana z kilku macierzy i NASów o łącznej pojemności użytkowej przekraczającej 2PB co stanowi równowartość ponad 2 000 TB. Na szczególną uwagę zasługuje 36 TB macierz zbudowana tylko z dysków SSD dzięki czemu osiąga ogromną prędkość zapisu wynoszącą nawet 250 000 IOPS. W taki sposób zgromadzone/przechowywane dane podlegają polityce kopii bezpieczeństwa wynikającej z wdrożonego systemu zarządzania jakością. Procedura kopii działa w oparciu o oprogramowanie Commvault i biblioteki taśmowe. Zastosowano również redundancję geograficzną – kolokując część sprzętu w odrębnym budynku. Obie lokalizacje wyposażone są w system podtrzymywania zasilania UPS oraz agregat prądotwórczy. Ponadto serwerownia biobanku wyposażona jest w system gaszenia gazowego i dwie linie zasilania z niezależnych podstacji elektrycznych.
Pomieszczenia zamrażarek
Materiał biologiczny biobankowany jest w dedykowanych do tego celu pomieszczeniach
- zamrażarki niskotemperaturowe -86oC
- dewary z ciekłym azotem (temp. przechowywania poniżej -150oC)
- zamrażarki laboratoryjne -30oC
- drukarki oraz czytniki kodów (w tym skaner kodów 2D krioprobówek w statywach typu SBS)
SALE KONFERENCYJNE
Dysponujemy dwoma nowocześnie wyposażonymi salami konferencyjnymi, które są dostosowane zarówno do prowadzenia zajęć dydaktycznych, szkoleń jak i spotkań biznesowych. Każda z sal wyposażona jest w klimatyzację, sprzęt nagłośnieniowy, projektor multimedialny, ekran, sieć Wi-Fi.
Nagrody i certyfikaty
Pracownia Biobank, jako znacząca jednostka na mapie Polski w zakresie biobankowania oraz usług biologii molekularnej, może pochwalić się wieloma certyfikatami i nagrodami.
Zespół Pracowni Biobank tworzą eksperci wysokiej klasy, których osiągnięcia podparte są również licznymi certyfikatami i nagrodami, w tym m.in. certyfikatem dot. Systemu Zarządzania Jakością zgodnego z wymaganiami ISO 9001:2015.
Certyfikat dot. Systemu Zarządzania Jakością zgodnego z wymaganiami ISO 9001:2015
Certyfikat Audytora Wiodącego ISO/IEC 27001:2013
Audytor ds. Bezpieczeństwa Informacji I stopnia PIKW
Testy Biegłości Laboratoryjnej (Biospecimen Proficiency Testing) organizowane przez europejski ośrodek IBBL (Integrated Biobank of Luxembourg).
Testy Biegłości Laboratoryjnej (Biospecimen Proficiency Testing) organizowane przez europejski ośrodek IBBL (Integrated Biobank of Luxembourg).
Testy Biegłości Laboratoryjnej (Biospecimen Proficiency Testing) organizowane przez europejski ośrodek IBBL (Integrated Biobank of Luxembourg).
Testy Biegłości Laboratoryjnej (Biospecimen Proficiency Testing) organizowane przez europejski ośrodek IBBL (Integrated Biobank of Luxembourg).
Testy Biegłości Laboratoryjnej (Biospecimen Proficiency Testing) organizowane przez europejski ośrodek IBBL (Integrated Biobank of Luxembourg).
Testy Biegłości Laboratoryjnej (Biospecimen Proficiency Testing) organizowane przez europejski ośrodek IBBL (Integrated Biobank of Luxembourg).
Historia
Pracownia Biobank Katedry Biofizyki Molekularnej UŁ powstała w 2014 w efekcie realizowanego projektu TESTOPLEK. W wyniku tego projektu Pracownię Biobank wyposażono w nowoczesną aparaturę, wyszkolono kadrę naukowo-techniczną i rozwinięto umiejętności, które obecnie możemy udostępniać naszym partnerom naukowym.
Od 2017 r. zespół biobanku współtworzy Polską Sieć Biobanków. Kadra biobanku reprezentowana jest przez wysokiej klasy specjalistów w zakresie technik biologii molekularnej, bioinformatyki i systemu zarządzania jakością. Wspólnie odnosimy wymierne sukcesy na polu naukowym i świadczenia usług komercyjnych.
